アイソタイプコントロールは細胞表面染色における抗体と蛍光色素の結合についてのコントロールとして最適化されています。それゆえ、陽性集団を的確に検出するためのコントロールの一つに過ぎません。 細胞内の染色の場合は、固定化および透過処理を必要としますが、そうした処理は、抗原検出、自家蛍光、蛍光色素の明るさおよび細胞形態に影響を与えることがあります。このため、細胞内染色のコントロールには、刺激/ブロック実験および陰性/陽性コントロールなどといった生物学的コントロールとなります。詳細は後述します。
細胞内染色を最適化する方法について詳しくは、細胞内染色のヒントページをご覧いただくか、 Tip and TricksのPDFをご参照ください。